张亮生的简历

发布者：张亮生发布时间：2018-04-04浏览次数：3317


张亮生博士，男，1983年11月生，2015年6月引进我校工作，目前为海峡联合研究院教授（特聘）、PI、博士生导师、金山学者青年拔尖人才，福建省高层次境外C类引进人才。近年来以第一作者或通讯作者在Plant Journal、Molecular Plant、Plant Physiology、Critical Reviews in Plant Sciences、New Phytologist等国际著名期刊发表论文19篇，影响因子总和大于90。

  

工作经历:

  • 2015/06-至今福建农林大学，基因组与生物技术中心，教授(特聘)/PI，博导

  • 2013/02–2015/06 同济大学，转化医学研究院，生命科学与技术学院，副研究员

  • 2012/07–2013/02, Pennsylvania State University, Department of Biology, Postdoctoral Scholar


教育经历:

  • 2009/07–2012/07，复旦大学生命科学学院，遗传学，理学博士， (导师：马红教授)

  • 2007/07，清华大学生物信息学暑期学校

  • 2006/08–2009/07，上海大学数学系，理学硕士

  • 2002/09–2006/07，长江大学数学系，理学学士

研究方向:基因组，生物信息，分子进化

  • 基因组学：包括从头组装基因组和比较基因组

  • 生物信息学：基因组和转录组数据分析

  • 分子进化：基因家族分析和基因功能分化

  • 基因功能和性状基因挖掘


研究成果

主要从事植物基因组和生物信息学的研究。研究材料不只是局限于模式植物拟南芥，还拓展到作物和园艺植物，如香蕉，油菜，蝴蝶兰，石斛，杜仲和睡莲等植物，已经有多篇研究工作发表。在植物基因家族进化，生物信息学和基因组学方面取得了优异的研究成果。

1）完成兰科CAM途径调控的分子机制和起源研究

申请人目前对于CAM的相关研究已取得一些前期研究成果，论文发表在The Plant Journal （第一并通讯），Molecular Phylogenetics and Evolution，Scientific Reports。

  

2）植物基因组与花发育转录组及基因家族进化研究

参与了Maca和石斛基因组研究工作，花发育相关基因家族和转录组研究等。相关论文发表在Molecular Plant，Scientific Reports，New Phytologist（共同通讯）和Frontiers in Plant Science上（一作）。

3）植物表观遗传相关基因家族进化研究

对一些在植物发育和进化过程中重要的基因家族进行了深入研究，不仅澄清了这些基因家族的进化历史，而且揭示了重复基因对不同的基因及基因家族或亚家族截然不同的贡献。结果发表在New Phytologist（第一），Plant Physiology（最后通讯）和BMC Evolutionary Biology（最后通讯）上。

4） Maca，杜仲和香蕉，油菜，睡莲基因组研究

参与了Maca和杜仲基因组学研究工作，发表在Molecular Plant.主持完成了栽培种香蕉，油菜和睡莲的基因组测序工作，都是基于三代测序技术上完成的，相关论文在撰写过程中。如睡莲，其属于园艺植物。园艺植物基因组被测序的并不多，只有梅花等基因组被测序。本人主持完成了睡莲基因组测序工作。使用单分子测序技（PacBio>110X）完成了睡莲基因组（409M）测序工作，Contig N50 达到2.1M，45条序列长度就能覆盖基因组一半，初步组装和注释结果很好。


发表论文:

*通讯作者，#第一作者

2018

1.Shanshan Dong, Chaoxian Zhao, Fei Chen, Yanhui Liu, Shouzhou Zhang, Hong Wu,Liangsheng Zhang* and Yang Liu*The complete mitochondrial genome of the early flowering plant Nymphaea colorata is highly repetitive with low recombination. BMC Genomics2018 DOI：10.1186/s12864-018-4991-4 

2.Dong W, Vannozzi Alessandro, Chen F, Zhang L*. MORC domain definition and evolutionary analysis of the MORC gene family in green plants. Genome Biology and Evolution. 2018 Jul 1;10(7):1730-1744. (IF=3.9).

3. Chen F*, Dong W, Zhang L*. realDB: a genome and transcriptome database for red algae. Database. 2018 Jan 1; 2018. doi: 10.1093/database/bay072(IF=3.9).

4. Chen F, Dong W, Zhang J, Guo X, Lin Z, Tang H and Zhang L.The sequenced angiosperm genomes and genome databases.Frontiers in Plant Science. 2018 Apr 13;9:418. doi: 10.3389/fpls.2018.00418

5. Fei Chen, Yue Hu, Alessandro Vannozzi, Kangcheng Wu, Hanyang Cai, Yuan Qin, AlisonMullis, Zhenguo Lin* &Liangsheng Zhang*. The WRKY transcription factor family in model plants and crops. Critical Reviews in Plant Sciences. Pages 311-335 | Published online: 05 Mar 2018

6. Wuyun TN#*, Wang L#, Liu H#, Wang X#, Zhang L#, Bennetzen JL, Li T, Yang L, Liu P, Du L, Wang L, Huang M, Qing J, Zhu L, Bao W, Li H, Du Q, Zhu J, Yang H, Yang S, Liu H, Yue H, Hu J, Yu G, Tian Y, Liang F, Hu J, Wang D, Gao R, Li D, Du H. The hardy rubber tree genome provides insights into the evolution of polyisoprene biosynthesis. Mol Plant. 2018 Mar 5;11(3):429-442. doi: 10.1016/j.molp.2017.11.014 封面文章

7. Xu M#, Chen Fei#, Qi S, Zhang L, Wu S. Loss or duplication of key regulatory genes coincides with environmental adaptation of the stomatal complex inNymphaea colorataandKalanchoe laxiflora. Hortic Res. 2018 Aug 1;5:42. doi: 10.1038/s41438-018-0048-

8. Klopfenstein DV,Zhang L, Pedersen BS, Ramírez F, Warwick Vesztrocy A, Naldi A, Mungall CJ, Yunes JM, Botvinnik O, Weigel M, Dampier W, Dessimoz C, Flick P, Tang H.GOATOOLS: A Python library for Gene Ontology analyses. Sci Rep. 2018 Jul 18;8(1):10872. doi: 10.1038/s41598-018-28948-z.

9.Ke M, Gao Z, Chen J, Qiu Y, Zhang L, Chen X.Auxin controls circadian flower opening and closure in the waterlily. BMC Plant Biol. 2018 Jul 11;18(1):143. doi: 10.1186/s12870-018-1357-7.

10.Chen F, Zhang L, Lin Z, Cheng ZM.Identification of a novel fused gene family implicates convergent evolution in eukaryotic calcium signaling. BMC Genomics. 2018 Apr 27;19(1):306. doi: 10.1186/s12864-018-4685-y.

11.Liu JP*, Hu J, Liu YH, Yang CP, Zhuang YF, Guo XL, Li YJ, Zhang L*.Transcriptome analysis ofHevea brasiliensisin response to exogenous methyl jasmonate provides novel insights into regulation of jasmonate-elicited rubber biosynthesis. Physiol Mol Biol Plants. 2018 May;24(3):349-358. doi: 10.1007/s12298-018-0529-0. Epub 2018 Apr 13.

12.Liang P, Saqib HSA, Zhang X,Zhang L, Tang H.Single-Base Resolution Map of Evolutionary Constraints and Annotation of Conserved Elements across Major Grass Genomes. Genome Biol Evol. 2018 Feb 1;10(2):473-488. doi: 10.1093/gbe/evy006.  

2017

  1. Sun ZC, Zhang L*, Wang ZJ*Genome-wide analysis of miRNAs in Carya cathayensis. BMC Plant Biology. 2017 Nov 29;17(1):228. doi: 10.1186/s12870-017-1180-6. (IF=3.96，二区)

  2. Chen F, Liu X, Yu C, Chen Y, Tang H, Zhang L*.Water lilies as emerging models for Darwin's abominable mystery. Horticulture Research. 2017 Oct 4;4:17051. doi: 10.1038/hortres.2017.51 (IF=4.16，一区)

  3. Chen F, Zhang X, Liu X, Zhang L*. Evolutionary Analysis of MIKCc-Type MADS-Box Genes in Gymnosperms and Angiosperms. Frontiers in Plant Science. 2017 May 30;8:895. doi: 10.3389/fpls.2017.00895. eCollection 2017. (IF=4.30，二区).

  4. Sun Z, Li Z, Huang J, Zheng B, Zhang L*, Wang Z*. Genome-wide comparative analysis of LEAFY promoter sequence in angiosperms. Physiol Mol Biol Plants. 2017 Jan;23(1):23-33. doi: 10.1007/s12298-016-0393-8. 

  5. Fu X, Li J, Tian Y, Quan W, Zhang S, Liu Q, Liang F, Zhu X, Zhang L, Wang D, Hu J Long-read sequence assembly of the firefly Pyrocoelia pectoralis genome. Gigascience. 2017 Nov 24. doi: 10.1093/gigascience/gix11

  6. Chen F, Zhang L, Cheng ZM. The calmodulin fused kinase novel gene family is the major system in plants converting Ca2+ signals to protein phosphorylation responses. Scientific Reports. 2017 Jun 23;7(1):4127. doi: 10.1038/s41598-017-03367-8 （IF=4.26）

2016

  1. Han Y, Li X, Cheng L, Liu Y, Wang H, Ke D, Yuan H, Zhang L* and Wang L* Genome-Wide Analysis of Soybean JmjC Domain-Containing Proteins Suggests Evolutionary Conservation Following Whole-Genome Duplication. Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1800.(IF=4.30，二区).

  2. Zhang J, Tian Y, Yan L, Zhang G, Wang X, Zeng Y, Zhang J, Ma X, Tan Y, Long N, Wang Y, Ma Y, He Y, Xue Y, Hao S, Yang S, Wang W, Zhang L*, Dong Y*, Chen W*, Sheng J*. Genome of plant maca (Lepidium meyenii) illuminates genomic basis for high altitude adaptation in the central Andes. Molecular Plant.2016, 9(7):1066-77(IF:8.83，大一区)被《 2016中国植物科学若干领域重要研究进展》报道）

  3. Zhang L#*, Fei Chen#, GQ Zhang, YQ Zhang, ZG Lin, ZM Cheng*, ZJ Liu*. Origin and mechanism of crassulacean acid metabolism in orchids as implied by comparative transcriptomics and genomics of the carbon fixation pathway. Plant Journal.2016, 86(2):175-85.（IF:5.96，一区)被《 2016中国植物科学若干领域重要研究进展》报道）

  4. Deng H#, Zhang L#, Zhang G, Zheng B, Liu Z, Wang Y, Evolutionary history of PEPC genes in green plants: Implications for the evolution of CAM in orchids, Molecular Phylogenetics and Evolution. 2016, 94(Pt B):559-64 (IF=3.91，二区). 被《 2016中国植物科学若干领域重要研究进展》报道）

  5. Zhang GQ, …….Zhang L†, ……., Liu ZJ. The Dendrobium catenatum Lindl. genome sequence provides insights into polysaccharide synthase, floral development and adaptive evolution.Scientific Reports. 2016, 12;6:19029. (IF=4.26).

  6. Zhong Z, Norvienyeku J, Chen M, Bao J, Lin L, Chen L, Lin Y, Wu X, Cai Z, Zhang Q, Lin X, Hong Y, Huang J, Xu L, Zhang H, Chen L, Tang W, Zheng H, Chen X, Wang Y, Lian B, Zhang L, Tang H, Lu G, Ebbole DJ, Wang B, Wang Z. Directional Selection from Host Plants Is a Major Force Driving Host Specificity in Magnaporthe Species.Scientific Reports. 2016, 6;6:25591(IF=4.26).

    2015

  7. Tang H, Bomhoff MD, Briones E, Zhang L, Schnable JC, Lyons E5. SynFind: Compiling Syntenic Regions across Any Set of Genomes on Demand. Genome Biology and Evolution.2015, 7(12):3286–3298. (IF=4.23，二区).

  8. Niu B, Wang L, Zhang L, Ren D, Ren R, Copenhaver GP, Ma H, Wang Y. Arabidopsis Cell Division Cycle 20.1 Is Required for Normal Meiotic Spindle Assembly and Chromosome Segregation. Plant Cell. 2015, 27(12):3367-82. (IF=8.69，大一区).

  9. Qian S, Wang Y, Ma H*, Zhang L*. Expansion and functional divergence of JmjC-containing histone demethylases: significance of duplications in ancestral angiosperms and vertebrates. Plant Physiology2015,168: 1321-1337(5 IF:8.04，大一区)

  10. Li Q, Zhang N, Zhang L*, Ma H*: Differential evolution of members of the rhomboid gene family with conservative and divergent patterns. New Phytologist2015, 206: 368-380 (IF=7.67，大一区).

  11. Zhang L, Wang L, Cui J, Cheng F, Wang YX, Ma H: Analysis of Arabidopsis floral transcriptome: detection of new florally expressed genes and expansion of Brassicaceae-specific gene families. Frontiers in Plant Science,2015, 5: 802, (IF=4.30，二区).

2012~2014

  1. Zhang L, Ma H: Complex evolutionary history and diverse domain organization of SET domain proteins suggestion divergent regulatory interactions. New Phytologist 2012, 195:248-263. (IF=7.67，大一区)

  2. Zhang L, Zhang Z, Weng Z, Shi W: Substitution Rates of the Internal Genes in the Novel Avian H7N9 Influenza Virus. Clinical Infectious Diseases,2013, 57(8):1213-1215, . (IF:8.89，大一区)

  3. Zhang L*, Zhang Z, Weng Z: Rapid Reassortment of Internal Genes in Avian Influenza A(H7N9) Virus. Clinical Infectious Diseases, 2013, 57(7):1059-1061.(IF:8.89,大一区)

  4. Lei L, Zhou S, Ma H*,Zhang L*: Expansion and Diversification of SET Domain Gene Family following Whole-Genome Duplications in Populus. BMC Evolutionary Biology2012, 12:51. (IF=3.41，三区)

  5. Dong X, Wang X, Zhang L, Yang Z, Xin X, Wu S, Sun C, Liu J, Yang J, Luo X: Identification and characterization of OsEBS, a gene involved in enhanced plant biomass and spikelet number in rice. Plant Biotechnology Journal 2013, 11(9):1044-1057.(IF:5.75，一区)

      

  

  

2016年三项工作被被《 2016中国植物科学若干领域重要研究进展》 报道，如下：

景天酸代谢(CAM)是固定CO2的一种途径, 与C3和C4途径相比, 这一途径具有最高的水分利用效率, 因此具有该代谢途径的植物能适应干旱环境, 但人们对CAM的起源和演化知之甚少。兰科植物具有丰富的生物多样性, 既有CAM途径, 又有C3途径。刘仲健研究组与国内外多家单位合作分析了15个兰花物种的转录组, 重点比较了参与固碳途径的13个基因家族, 发现光合作用相关的核心基因的拷贝数在兰花的CAM演化中并未起关键作用; 而CAM可能通过改变固碳关键基因的转录水平演化而来(Zhang et al., 2016m)。该研究通过多种光合途径植物中的固碳途径基因的综合比较, 揭示了关键基因的表达水平在CAM起源和演化中的重要性。此外, 该研究组与王雁研究组合作, 对60个已知的植物基因组序列、桃红蝴蝶兰(Phalaenopsis equestris)基因组和另外15个兰花物种的基因组表达谱(RNA-Seq)数据, 以及PEPC家族进行了详细的系统发生学分析, 发现PEPC家族包含3个不同的亚家族(PPC-1、PPC-2和PPC-3), 其共同祖先可追踪至绿藻。双子叶植物PPC-1谱系由于全基因组的复制(WGD)分为2个支系。与之类似, 单子叶植物的PPC-1谱系也经由1个古老的复制事件分为PPC-1M1和PPC-1M2。单子叶植物中CAM或C4途径相关的PEPC起源于PPC-1M1分支; 最早的CAM相关的PEPC可能在单子叶植物多样化后立即演化形成, 早于C4途径(Deng et al., 2016a)。该研究追溯了绿色植物中PEPC基因完整的演化历史, 并阐明了兰花PEPC的起源。

生长在安第斯山脉的玛卡(Lepidium meyenii)可在较短的地质时期内获得高海拔适应性, 但具体机制尚不清楚。张静研究组与国内多家单位合作利用基因组测序技术, 发现在约6.7个百万年前玛卡经历了2次非常近的全基因组加倍事件。与其近缘的十字花科植物相比, 玛卡基因组中与非生物逆境应答、激素信号转导和次生代谢产物合成相关的基因及基因家族发生了显著扩增。因此, 重复基因的保留和功能分化可能是造成玛卡形态学与生理学改变的重要因素。此外, 研究还表明与形态适应(如LCR(LEAF CURLING RESPONSIVENESS))以及非生物逆境应答(如DRT- 102(DNA-DAMAGE-REPAIR/TOLERATION 2))相关的基因受到了正选择(Zhang et al., 2016i)。该研究为理解全基因组重复对高海拔物种适应的作用具有重要意义。